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D’abord, voulant devenir peintre, il rejoint Paris en 1839. Il suit les cours des peintres Paul Delaroche et Martin Drolling. Il termine sa formation avec le peintre néo-classique Jean-Auguste-Dominique Ingres. Elève de l’École des beaux-arts, il expose ses peintures au salon de Paris.

En 1844, il découvre la photographie, le daguerréotype, qui prend le pas sur sa vocation première. En 1849, il prend domicile sur l’Ile Saint-Louis à Paris, au 21 quai de Bourbon. Il devient totalement photographe au début des années 1850. La photographie est un art à part entière et il s’y dévoue tellement qu’il devient l’un des artistes pionniers les plus doués de sa génération comme Nadar. Il innove avec un procédé de gravure héliographique avec plus de finesse et de précision. Un tirage sur papier salé, datant de 1851, les Ramoneurs en Marche (une des premières photographies montrant le mouvement) démontre cette technique.

Non retenu pour une commande de l’état, la ‘Mission héliographique’, dépité, il part dans le Sud-Est de la France et photographie le littoral pour la première fois de l’histoire de la photo. Il reçoit de l’Etat Français des commandes pour photographier notamment, la cathédrale de Chartres, ainsi que des reproductions d’œuvres d’art du Musée du Louvre.

En 1863, malade il s’établit à Nice et va y installer un atelier de portraits photographiques. En 1865, le duc de Luynes passe commande à Nègre pour produire des planches d’un Voyage au Moyen Orient.