Charles Merle est né à Bressuire le 15 août 1931. Sa mère, Marie-Louise Besnard, était la fille d'un médecin de la ville, le docteur Louis Besnard, originaire de Loudun. Son père, M. Pierre Merle, était le fils d'un notaire exerçant la charge à Secondigny. M. Merle devait par la suite acquérir la charge de greffier auprès du tribunal de Bressuire.
L'attachement de Charles pour l'histoire locale et l'art se fit par l'intermédiaire de son oncle, le frère de son père, le docteur Louis Merle de Niort. Cet oncle l'encouragea à effectuer un long travail de dépouillement d'archives ou de minutes notariales mais aussi de correspondances et de revues multiples.
Charles Merle fit ses études secondaires au collège Saint Joseph de Bressuire puis ses études de droit à la Faculté de Droit de Poitiers. Après avoir fait son service militaire à Fez, au Maroc, il entra au greffe du tribunal de Bressuire où il travailla avec son père. Par arrêté de nomination en qualité de greffier de charge en date du 16 décembre 1968, il devint le successeur de son père. Le 31 décembre 1968, il obtient le statut de fonctionnaire après le rachat de sa charge par l'Etat et greffier en chef du tribunal de grande instance. Il partit en retrait le 31 décembre 1993.
Parallèlement à sa vie professionnelle, Charles Merle s'installa dans la recherche et l'érudition. Il fit un travail très important concernant les poteries de Saint-Porchaire. Son érudition se retrouvait également dans les nombreuses publications et les importantes communications qui étaient présentées lors des congrès tant à la Société Historique et Scientifique des Deux-Sèvres dont il fut le vice-président qu'à la Société des Antiquaires de l'Ouest dont il était membre, ou lors de congrès régionaux en sa qualité de Président de la Fédération des sociétés savantes des Deux-Sèvres, fonction qu'il exerça durant dix années consécutives.
Charles Merle assura la conservation du musée de Bressuire naissant et en constitua une partie des collections. De 1969 à 1995, il fut aussi le conservateur du musée Henri Barré de Thouars dont il (ré)installa les collections. De plus, il réalisa une partie de l'inventaire des collections des deux musées.